Zu den komplexesten Folgen der ertragsteuerlichen Organschaft zählt die Abwicklung von sogenannten Mehr- oder Minderabführungen in der Bilanz des Organträgers. Bislang sollten dafür in der Steuerbilanz des Organträgers besondere aktive oder passive Ausgleichsposten gebildet werden, deren Charakter seit jeher umstritten war.
In einem vom Bundesfinanzhof (BFH) entschiedenen Streitfall wurde eine Organgesellschaft aufgespalten. Bis dato hatte sie ein Einzelhandelsunternehmen in Form zahlreicher Filialen betrieben. Vor dem Hintergrund der beabsichtigten Privatisierung des Filialgeschäfts wurde jede einzelne Niederlassung auf eine jeweils neu gegründete Tochtergesellschaft übertragen. Auch die Zentralfunktionen der bisherigen Gesellschaft wurden von einer eigens gegründeten Tochtergesellschaft übernommen. Durch die Aufspaltung endete die Organgesellschaft.
Ertragsteuerliche Organschaften bieten einen immensen steuerlichen Vorteil: So können innerhalb einer Organschaftsgruppe zum Beispiel Verluste der einen Gesellschaft mit Gewinnen einer anderen Gesellschaft verrechnet werden. Diesen Vorteil gewährt der Fiskus jedoch nur unter der Voraussetzung, dass hohe formelle Anforderungen erfüllt werden.
Vor dem Finanzgericht Sachsen-Anhalt war die Frage zu klären, ob ein Bilanzierungsfehler Teil der maßgeblichen Steuerbilanz wird, wenn das Finanzamt zuvor im Rahmen einer Betriebsprüfung fehlerhaft von der Bilanz des Steuerpflichtigen abgewichen ist.
