Insbesondere bei Betriebsprüfungen in der Gastronomiebranche setzen die Finanzämter häufig einen sogenannten Zeitreihenvergleich ein. Bei dieser Schätzungsmethode zerlegt der Prüfer die jährlichen Erlöse und Wareneinkäufe in kleine Einheiten (meist Wochenzeiträume) und ermittelt für jede Woche das Verhältnis zwischen Erlösen und Einkäufen (sogenannter Rohgewinnaufschlagsatz). Die Finanzverwaltung geht davon aus, dass der höchste Rohgewinnaufschlagsatz, der sich in einem beliebigen Zehnwochenzeitraum ergibt, auf das gesamte Wirtschaftsjahr übertragen werden kann, so dass dem geprüften Unternehmer häufig erhebliche steuererhöhende Hinzuschätzungen drohen.
Wirtschaftsförderungsgesellschaften von Bund, Ländern oder Gemeinden können von der Gewerbe- und Körperschaftsteuer befreit sein, wenn sich ihre Aktivitäten auf begünstigte Kerntätigkeiten wie beispielsweise Industrieansiedlung und Arbeitsplatzbeschaffung beschränken.
Das Prinzip ist ganz einfach: Wer in einer Rechnung Umsatzsteuer ausweist, schuldet den ausgewiesenen Steuerbetrag und muss ihn an das Finanzamt abführen. Die Fehlerquellen in diesem Zusammenhang sind dennoch vielfältig. Beispielsweise kann ein falscher Steuersatz angewendet und damit ein unrichtiger Steuerbetrag ausgewiesen werden.
Die Entnahme von Nahrungsmitteln aus dem unternehmerischen Bereich für den privaten Verzehr ist umsatzsteuerpflichtig. Damit Unternehmer nicht jede Entnahme einzeln aufzeichnen müssen, sieht die Finanzverwaltung pauschale monatliche Beträge vor. In einem Verfahren vor dem Bundesfinanzhof (BFH) ging es um diese Entnahmepauschalen bei einer Schlachterei mit einer Filiale, die zusätzlich Stände auf Wochenmärkten, einen Catering-Service und einen Mittagstisch betrieb.